تستخدم المجاهر الإلكترونية لتصوير العينات بنفس الطريقة التي تستخدم بها المجاهر الضوئية في حين أن الأولى يستخدم فيها الإلكترونات المنعكسة من سطح العينة لإنشاء صورة ونظرا لان الطول الموجي للإلكترونات أصغر بكثير من الطول الموجي للضوء لذلك فان دقة المجهر الالكتروني تفوق دقة المجهر الضوئي. يمكن تحليل العينة بحد أقصى 5 دقائق من وقت التشغيل يمكن أن يصل الحد الأقصى لقوة التكبير إلى 60.000 من العينة ويمكن أن يصل إلى نطاق 500 نانومتر من سطح الكائنات.